Os líquenes são amplamente usados para fins de biomonitorização, especialmente para a avaliação da qualidade do ar. Na região de Sines, entre 1980 e 2001, três estudos foram realizados usando a biodiversidade liquénica nesse sentido. Esses estudos forneceram resultados importantes em termos de gestão ambiental (c.f. projecto SinesBioar em http://www.ccdr-a.gov.pt/SinesBioar/), bem como informação importante no que diz respeito aos métodos usados para estudos regionais de biomonitorização.
 
A utilização desses organismos vivos como bioindicadores (indicadores biológicos do ambiente) para avaliar o impacte da poluição atmosférica na saúde humana deve-se pelo facto dos líquenes serem organismos vivos e por isso reagirem fisiologicamente ao ambiente. A sua fisiologia simples e a falta de mecanismos de protecção fazem destes organismos excelentes modelos para medir o impacte da poluição atmosférica nos organismos biológicos. 
 
Esta é a razão pela qual os bioindicadores foram utilizados num estudo com o intuito de determinar o impacte da poluição atmosférica na saúde humana. Nesse estudo, Cislaghi e Nimis (1997) obtiveram evidências de que a diversidade liquénica se apresenta bem correlacionada com o cancro do pulmão numa região em Itália.
 
No projecto GISA, a diversidade liquénica na região do Alentejo Litoral é analisada focando principalmente as áreas urbanas, onde residem as populações, que apresentam uma heterogeneidade espacial mais elevada e baixa abundância de substratos (Loppi e Corsini, 2003).